Seth Brundle est un jeune biologiste très doué. Après avoir fait ses premières armes dans une brillante équipe, il se décide à travailler seul. Il met au point une invention qui doit révolutionner le monde : la "téléportation" qui consiste à transporter la matière à travers l'espace. Les essais sur un babouin sont peu convaincants et après des fuites dans la presse, il décide de se téléporter lui-même. Seulement il ne s'apercoit pas qu'une mouche fait partie du voyage.
Suite à une négligence, un savant se retrouve, le temps d'une expérience, enfermé dans une machine à désintégrer en compagnie d'une mouche. Le résultat de l'expérience qu'il effectuait sur lui-même est qu'il se retrouve moitié homme, moitié mouche.
Quinze ans après La Mouche noire, le fils du savant transformé en homme-mouche continue les expériences de son père. Mais poussé par les ambitions de son assistant, il se retrouve avec une tête et les membres d'une mouche. Sa vengeance envers les gens qui l'ont trahi sera terrible, et il doit découvrir le processus inverse.
