Parola chiave Mechagodzilla

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.

Dopo l'apparente sconfitta di Godzilla, il governo giapponese vuole usare alcune ossa di Godzilla per ricostruire il robot Mecha-Godzilla, al fine di usarlo come arma di difesa per il Giappone. Mothra tuttavia si dimostra subito contrariata all'esperimento e minaccia di attaccare l'umanità se ciò dovesse avvenire. Nonostante l'accordo tra i giapponesi e Mothra fosse chiaro, il governo si dirige verso il luogo dove Godzilla era precipitato per prelevarne le ossa. Con grande sorpresa di tutti il dinosauro mutante è ancora vivo e immediatamente distrugge i laboratori dirigendosi verso Tokyo con un solo obiettivo: distruzione totale. Mothra lo affronta ma Godzilla la sconfigge con il suo potentissimo raggio radioattivo. I giapponesi allora ricostruiscono in fretta e furia Mecha-Godzilla e lo scagliano al fianco della farfalla gigante contro Godzilla...

Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.