Na segunda parte das aventuras de Beethoven, o nosso herói conhece Missy, a cadela São Bernardo dos seus sonhos. Mas infelizmente terá que separar-se dela por causa de Regina, a dona de Missy, uma mulher terrível que a usa como moeda de troca para resolver o seu divórcio. Missy, Beethoven e os seus cachorros voltarão a reunir-se? E Regina, terá aquilo que merece?
Magorium (Dustin Hoffman) é um incrível senhor de 243 anos de idade, dono da loja de brinquedos mais fantástica do mundo. Tudo lá é mágico e parece ter vida. A única condição que se pede aos freqüentadores é muito simples: precisa acreditar para ver. Quando o Sr. Magorium decide se aposentar e deixar a loja para a encantadora Molly (Natalie Portman), coisas estranhas começam a acontecer.
